Beschleunigung der Genom-Analyse

Mrz 27, 2020
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Beschleunigung der Genom-Analyse

Ein internationales team von Wissenschaftlern, geführt von den Forschern von A*STAR Genom-Instituts von Singapur (GIS) und der Bioinformatik-Institut (BII), entwickelt haben SIEBEN 4G (SIFT für Genome) – eine software, die führen können, um schneller Genom-Analyse. Diese Entwicklung wurde veröffentlicht in der Fachzeitschrift Nature Protocols.

Beschleunigung der Genom-Analyse

Die Genom-Sequenzierung hat maßgeblich zur Verbesserung der Kenntnisse der Krankheiten des Menschen, indem Wissenschaftler zu verstehen, die zugrunde liegenden biologischen Mechanismen. Es wurde auch kritisch in die Globale Vorstoß in Richtung Präzision in der Medizin, wo das genetische Profil einer Krankheit oder Patienten konnten die Verbesserung der klinischen Entscheidungsfindung bei der Bestimmung Prognosen und die Art der Behandlung, die für Patienten, ebnet den Weg für eine bessere Gesundheit Ergebnisse.

Während technologische Fortschritte haben es ermöglicht, die Erzeugung von riesigen Mengen an Daten auf den menschlichen Körper und andere Organismen, eine Herausforderung, vor die die wissenschaftliche Gemeinschaft ist die Fähigkeit, zu analysieren, wie große Mengen von Daten gut.

Basierend auf den gleichen Grundsätzen wie seine Vorgänger, SIEBEN 4G vorbereiten können Vorhersagen für Genome bei einer viel höheren Geschwindigkeit. Sobald die Vorhersagen sind bereit, Sie werden in einer Datenbank gespeichert und sind bereit für die Genom-Analyse. Die Nutzung von graphics processing units (GPUs) anstelle von central processing units (CPUs) resultierte in viel kürzeren Vorhersage-Zeiten und die Fähigkeit zu konstruieren Datenbanken für eine Vielzahl von Organismen. SIFT 4G bereits Vorhersagen für mehr als 200 Organismen, somit bietet Sie einen größeren Forschungs-community.

Während es früher dauerte es 25 Tage, an 10 CPUs zu erstellen Sie eine Datenbank für alle SIEBEN Vorhersagen, es dauert jetzt schon drei Tage auf eine einzelne GPU mit SIEBEN 4G. Durch die Verwendung einer GPU statt der CPU, die Bearbeitungszeit auf ein protein verringerte sich deutlich von 4,2 Minuten auf 2,6 Sekunden. Sobald die Vorhersagen sind bereit, die Forscher verwenden können, die Datenbank zur analyse der Genome in nur fünf Minuten.

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